L'examen est souvent gênant mais non douloureux. Selon la zone étudiée, l'endoscopie peut se faire sous anesthésie locale ou générale. La durée de l'intervention, elle, varie en fonction de la zone aussi. Par exemple, une cœlioscopie nécessitera une hospitalisation de courte durée, tandis qu'une endoscopie gastrique se fera en quelques heures dans la salle d'examen.

Lorsque cela est possible, les endoscopies se font généralement par les voies naturelles, sinon une incision permet de pénétrer dans certaines cavités de l'organisme. La majorité des examens requiert d'être à jeun obligatoirement quelques heures avant l'examen. Le tabac et l'alcool doivent être également évités durant les 3 jours précédant l'examen.